Около половины территории Филиппин покрыто влажными тропическими лесами, в которых преобладают пальмы, каучуконосы, баньян, апитонг, майяпис, лауан, часто встречаются бамбук, орхидеи, корица. На высоте свыше 1200 м над уровнем моря произрастают кустарники и находятся луга.
Более 40% территории покрыты лесами с разнообразным растительным миром. Среди всего этого многообразия 9250 видов встречаются только на этих островах, то есть являются эндемиками. Причем это не просто отдельные растения, а целые семейства, которых не встретишь нигде в мире. К примеру, из 1000 произрастающих здесь видов орхидей 700 можно увидеть только на Филиппинах. То же касается и 150 видов местных пальм, из которых 2/3 – эндемики.
Во влажных лесах до высоты 800 м над уровнем моря произрастают деревья семейства диптерокарповых. Выше располагаются дубовые леса с пальмовым подлеском, а на высоте 1-2 км растут сосновые деревья. На побережье преобладают вечнозеленые мангровые заросли.
Национальное дерево Филиппин – это нарра. Оно относится к роду птерокарпус и ценится за красную древесину.
Среди животных, обитающих на Филиппинских островах, чаще других встречаются олень, мангуст, дикий кабан. Для фауны страны характерно большое разнообразие видов птиц и рептилий. В прибрежных водах водится много видов рыб и моллюсков, среди последних особенно примечательны жемчужницы — моллюски, способные образовывать жемчуг.
На Филиппинах обитает около 600 видов птиц, среди них 194 эндемика, в числе которых и символ страны – филиппинский орел. На островах живут попугаи, голуби, бекасы, совы, зимородки и т. д. Здесь встречаются самые большие бабочки-павлиноглазки с размахом крыльев до 30 см.
Для природы Филиппин характерно множество амфибий и рептилий. Здесь обитают 114 змей, среди которых только 14 считаются ядовитыми. На островах можно увидеть самого крупного в мире гребнистого крокодила, а также миндорского крокодила, находящегося под угрозой полного исчезновения.